从国内外电子商务的总体情况来看，其发展还是面临不小的挑战，用户对 物流，信息等环节满意度低，总体缺乏统一的物流配送市场，电子商务交易缺乏全面的法律规定，网络诚信和安全体系有待加。那么对于建立在更为传统产业基础上的农产品电子商务而言，其瓶颈耗资约就更是显而易见了。
    （一）农村互联网普及率低，信息化基础设施有待加
    从城乡互联网的普及率来看，互联网在城镇的普及率是44.6%，在农村仅为 15%，《到2015年互联网渗透率将翻番 用户超过6.5亿》对比2010年以来城乡互联网的发展差距，2007年城乡互联网普及率的差距仅为20.2%，2008年差距扩大为23.5%，2009年差距拉大为29.6%。农村互联网发展速度慢于城镇发展速度，互联网在城乡的发展差距拉大，导致农村互联网增速放缓的因素中，“农村地区网络基础知识匮乏对互联网的认知存在偏差”“农村互联网相关基础设施薄弱，公共上网资源匮乏”“农村上网成本相对于农民收入水平仍较高”是重要的三大原因。   
    解决方案：加基础设施建设，电子商务属于网络活动，农村需要大力发展基础设施建设，改善农村用户的网络环境。为农业电子商务奠定良好的基础。
   （二） 农村对电子商务的认识有待提高
    由于受文化程度的制约，农民仍保持传统的“眼看”“手摸”“耳听”“品尝” 的交易习惯，认为电子商务虚无缥缈，可信度值得怀疑。相当的农民没有条件及时直接地从网上获取信息，也没有能力对获取的信息进行分析筛选，更没有可能上网发布信息。
    解决防范：加文化教育及引导，在农村开展电子商务的相关讲座，将产品与电子商务有机结合，同时多引进农村电子商务成功实例，让农民感受到效果，了解未来农村的发展趋势。      （三）农产品电子商务配套环境有待提升
     适合电子商务的商品主要是标准化产品和可鉴别性产品，农产品电子商务要 求对网上交易的农产品品质分级标准化，包括规格化以及产品编码化。但由于季度性，在不恒定的自然环境中易变质，农产品尤其是鲜活农产品在标准化方面存在先天不足，行业内也无统一要求，这就导致目前农产品交易中以次充好现象屡见不鲜，“优质优价”难以做到。农产品种类繁多，生产单位小，在保险运输后续处理上较为困难，这使物流环节难度增大。
    解决方案：优化物流配送，一方面初期的时候应尽量避开不宜运输的农产品，另一方面与农村的相关部门共同探讨，规划运输路线，缩短配送距离，同时想发展农业电子商务早的沿海发达地区取经，结合自身情况找到一条适合本地的发展道路。 
    （四）电子商务网站专业水平低     目前国内不少涉农网站从形成到内容都有很多雷同之处，缺少专业水准和特 色，更新周期长，且网站信息以宣传本地农业为主，真正使用于农民的信息较少，分析与决策参考类的信息就更少了，相当一部分网站以信息撮合功能为主，支付等功能很不完善。
    解决方案：充分借鉴国内外新技术，立足于我国农村电子商务建设的实际需要，增我国在农村电子商务域的科研实力和技术竞争力。
    （五）农产品电子商务人才供应不足
    农业电子商务建设对人员素质的要求有其特殊性，需要一大批既精通网络技 术有熟悉农业经济运行规律的复合型人才。但长期来国内对农业信息网络人才的培养不够重视，投入经费少，这方面人才十分缺乏，使得农业信息专业库的建设，更新速度缓慢。此外，作为操作终端用户的农民，在掌握现代商务知识和网络技术方面的差距就更远了。
      解决方案：培养复合型的电子商务人才，开拓型的电子商务人才和既懂理论又有实际能力的电子商务人才。由于电子商务的覆盖面非常广泛，金融、电子信息、软件开发等各项域对人才的要求都会有不同的侧重，对于专业的电子商务公司来说，需要的是懂电子商务相关技术及其业务知识的人。
     综上所述，建立和完善农村电子商务不是一朝一夕能完成的工程，因此农村电子商务发展的道路任重而道远，还需要社会多方的共同努力。